1951 als „Deutsche Bauakademie“ neu gegründet und im Jahr 1972 in „Bauakademie der DDR“ umbenannt. Sie war die oberste wissenschaftliche Einrichtung für Städtebau, Architektur und Bauingenieurwesen und wurde (zulasten der Hochschulen) zum außeruniversitären Zentrum der Bauforschung in der DDR ausgebaut. Die Bauakademie hatte das Promotionsrecht, verdiente Wissenschaftler*innen konnten zu Professor*innen bei der Bauakademie ernannt werden. In den 1980er Jahren war das Bauministerium der DDR der Hauptauftraggeber der Bauforschung und bestimmte die Schwerpunktsetzung der insgesamt 16 verschiedenen Institute der Bauakademie. Hauptsitz der Bauakademie und ihrer Institute war Berlin, es gab Außenstellen in Leipzig, Dresden, Halle/S. und Weimar. Ende 1989 hatte die Bauakademie etwa 4.300 Beschäftigte.

Der Wissenschaftsrat der Bundesrepublik hat 1992 empfohlen, die Institute der Bauakademie mit Ausnahme des Instituts für Industrie- und Gewerbeplanung in Halle nicht in der bestehenden Form fortzuführen. Die Auflösungen sollten sozialverträglich gestaltet werden. Der Wissenschaftsrat empfahl zugleich, in Berlin und den neuen Bundesländern zehn neue Institute mit einer deutlich geringeren Personalstärke neu zu gründen. Einige der Institute haben bis heute Bestand, z.B. das IRS (Leibniz-Institut für raumbezogene Sozialforschung) in Erkner oder das IÖR (Leibniz-Institut für ökologische Raumentwicklung) in Dresden.

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